Pada masa awal Kasultanan Yogyakarta, selain sebagai sarana ibadah salat, Masjid Gedhe juga dipergunakan sebagai tempat untuk menyelesaikan masalah yang berkaitan dengan hukum Islam, terutama masalah perkara perdata. Bertindak sebagai pemimpin pengurus masjid yaitu penghulu keraton yang berada di dalam struktur Abdi Dalem Pamethakan. Salah satu Abdi Dalem penghulu keraton yang pernah bertugas di masjid ini bernama Raden Ngabei Ngabdul Darwis, kelak dikenal sebagai Kiai Haji Ahmad Dahlan, pendiri Muhammadiyah. Sebagai Khatib Amin, ia memiliki tiga tugas utama. Memberikan khotbah Jumat bergantian dengan delapan khatib yang lain, piket di serambi masjid, dan menjadi anggota Raad Agama Islam Hukum Keraton.
Prosesi penyelesaian permasalahan hukum dilaksanakan di serambi masjid yang juga disebut sebagai Al Mahkamah Al Kabirah. Selain sebagai tempat pengadilan agama, juga berfungsi sebagai tempat pertemuan para alim ulama, pengajian dakwah islamiyah, dan peringatan hari besar.
Sebagai bagian tak terpisahkan dari Keraton Yogyakarta, Masjid Gedhe turut dalam dinamika bangsa Indonesia. Dalam masa perjuangan kemerdekaan, bangunan Pajagan pernah digunakan sebagai markas Asykar Perang Sabil yang membantu Tentara Nasional Indonesia melawan agresi militer Belanda. Para pahlawan yang gugur kemudian dimakamkan di sisi barat masjid ini. Selain itu, Masjid Gedhe terus menjadi sarana perjuangan. Baik bagi Komponen Angkatan ‘66 dalam menumbangkan Orde Lama, maupun bagi pejuang reformasi dalam menumbangkan Orde Baru.
