Sri Sultan Hamengku Buwono III lahir pada 20 Februari 1769 dengan nama kecil Raden Mas Surojo, putra Sultan Hamengku Buwono II dan GKR Kedhaton. Dalam catatan Tan Jin Sing, ia digambarkan sebagai sosok pendiam dan lebih suka mengalah.
Namun takdir membawanya ke pusaran politik besar ketika ayahnya berseteru dengan Herman Willem Daendels, Gubernur Jenderal Hindia Belanda.
Pada Desember 1810, akibat tekanan kolonial, HB II dilengserkan. RM Surojo pun diangkat sebagai Sultan dengan gelar Hamengku Buwono III, meski hanya berstatus regent atau wakil raja.
Ayahnya tetap tinggal di keraton sebagai Sultan Sepuh, sebagaimana disebutkan dalam catatan sejarah di laman Kraton Jogja. Setahun kemudian, Inggris mengalahkan Belanda dan merebut Jawa.
HB II kembali naik tahta, sementara HB III kembali menjadi putra mahkota.
Namun sikap keras HB II membuat Inggris, di bawah Thomas Stamford Raffles, mencabut dukungan. Pada 21 Juni 1812, HB II kembali dilengserkan, dan RM Surojo disahkan lagi sebagai Sultan.
Saat itu, putra sulungnya dari garwa selir, RM Antawirya, diberi gelar Pangeran Diponegoro. Alih-alih terlibat dalam politik istana, Diponegoro memilih tinggal di Tegalrejo untuk mendalami agama. Kelak, ia memimpin Perang Jawa (1825–1830), salah satu perlawanan terbesar terhadap Belanda.
Masa HB III juga ditandai perubahan geopolitik. Yogyakarta harus menyerahkan wilayah Kedu, separuh Pacitan, Japan, Jipang, dan Grobogan kepada Inggris dengan ganti rugi 100.000 real per tahun. Selain itu, lahirlah Paku Alam I setelah Pangeran Notokusumo diberi 4000 cacah wilayah Adikarto.
HB III juga menyerahkan 1000 cacah kepada Kapiten Cina Tan Jin Sing, yang kemudian diangkat sebagai Bupati Yogyakarta bergelar KRT Secadiningrat.
Campur tangan Inggris turut melemahkan kekuatan militer keraton.
Lebih dari 9000 prajurit, termasuk Bugis dan Bali, kehilangan peran dan banyak dimobilisasi ke perkebunan kolonial. Meski demikian, masa HB III relatif lebih aman dan makmur bagi rakyat.
Ia juga meninggalkan jejak budaya, seperti pembangunan Kampung Ketandan yang kini menjadi pusat budaya Tionghoa, serta mendatangkan kereta kuda
tahan peluru dari Inggris bernama Kyai Mondro Juwolo.
Sri Sultan Hamengku Buwono III wafat pada 3 November 1814 di usia 45 tahun, setelah hanya memerintah selama 865 hari. Ia dimakamkan di Astana Kasuwargan, Imogiri. Tahta kemudian diteruskan oleh putra bungsunya, GRM Ibnu Jarot, yang naik sebagai Sultan Hamengku Buwono IV pada usia 10 tahun.
